La formazione dei chierici nel periodo medioevale, non era affidata ad un'unica istituzione stabile. Deputata alla formazione del clero era la cosiddetta schola episcopalis, che in genere era eretta presso le chiese cattedrali. Ad una così scarsa formazione dei chierici conseguì una grande decadenza dei costumi e della dottrina, aggravata dal fatto che al basso clero competeva più direttamente la cura animarum.

La questione della formazione dei chierici fu discussa a Trento specie nella sessio XXIII; fu di lì promulgato il decreto De reformatione (15 luglio 1563), che al capitolo XVIII Cum adulescientium ætas, sanciva l'erezione in tutte le chiese locali di un istituto (seminarium) di probazione vocazionale, nel quale si educassero alla pietà e alla vita ecclesiastica i ragazzi di età superiore ai dodici anni, nati da legittimi genitori; di tale istituto il Concilio fissava anche l'ordinamento amministrativo e finanziario.
Gradualmente, a seconda della situazione politica, culturale ed economica dei vari paesi, tale decreto venne recepito dalle chiese locali.

Nel Regno di Napoli, stante un clima non contrario alla riforma cattolica, i seminari vennero eretti quasi subito nella maggior parte delle diocesi. Tra i primi ad essere istituiti furono i seminari di Larino, Caiazzo (1564), Ariano (1565), Aversa (1566), Capua (1567).
L'archidiocesi di Napoli ebbe il suo seminario il 1 gennaio 1568, ad opera dell'arcivescovo Mario Carafa, che acquistò, con denaro suo, alcuni edifici costruiti a ridosso della cattedrale (l'attuale sede dell'Archivio Storico Ecclesiastico).

Durante il XVII secolo si deve rilevare anche per il Seminario di Napoli il fenomeno più generale di una non brillante vita dell’istituto, afflitto da un lato da ristrettezze economiche, dall’altro da non ben chiari piani formativi.

Il ’700 è il secolo d’oro, nel quale il seminario napoletano educò prelati illustri e degni ecclesiastici (ne fu allievo esterno anche Alfonso Maria de Liguori). Le alterne vicende politiche dell’800, pur compromettendone più volte l’esistenza, non arrecarono grave danno all’istituto, specie quando in seguito alla soppressione delle facoltà teologiche presso le università statali (16 febbraio 1861), esso divenne l’unico depositario e fruitore della tradizione teologica napoletana.

Nei primi decenni del ’900 la vecchia struttura era divenuta ormai angusta, al punto da indurre il cardinale Alfredo Ildefonso Schuster in visita a Napoli a suggerire la costruzione di una nuova sede. Il cardinale Alessio Ascalesi, condividendone la necessità, si mise all’opera, dapprima ottenendo il permesso da Pio XI nel 1926, poi mobilitando l’intera archidiocesi per far fronte all’impresa.

Nel 1930 si poté dare avvio alla costruzione del nuovo seminario, edificio imponente nella sua struttura che domina con la reggia il poggio di Capodimonte. L’ingegner Tirone, che lo progettò, intese, infatti, richiamarsi al palazzo reale e, su suggerimento dello stesso Pio XI, fu ricavato un ampio terrazzo ad emiciclo, che prospetta un suggestivo panorama sulla città e sul golfo di Napoli.
Per ovviare alle enormi spese il cardinale fece appello alla generosità del clero e del popolo della diocesi napoletana e provvidenzialmente le copiose offerte coprirono l’intero onere.
Il 29 giugno 1934 con sua viva soddisfazione, il benemerito presule inaugurò la nuova struttura. Una lapide e un busto marmoreo ricordano il suo zelo e la sua opera a chiunque varca la soglia del seminario a lui intitolato.

Al centro dell’ampio cortile egli fece collocare la statua della Vergine Immacolata, opera seicentesca di Cosimo Fanzago.
Il principe ereditario Umberto II di Savoia donò in quell’occasione una pregevole tela dell’Immacolata, un tempo collocata nella cappella maggiore del seminario e ora posta nella restante sala della Trasfigurazione.